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　一般に、口蓋裂を有する場合、中耳炎にかかりやすいことが知られています。田坂らの報告ですと、口蓋裂の患者さんの32%が滲出性中耳炎にかかっており、慢性中耳炎、癒着性中耳炎なども含めた耳疾患保有率は44.5%になると発表されています。これは口蓋裂による口蓋帆張筋（口蓋と咽頭にある筋肉）の先天的な低形成や、筋力不足が原因で、耳管咽頭口（耳と口とをつなぐ管の入口）が開大不全や耳管通過不全がおこるためと考えられています。